La religione inca era politeista. Il creatore della religione Inca era considerato Viracocha, il vecchio dio creatore. Era raffigurato come un vecchio dai capelli e dalla barba bianchi. I due culti ufficiali erano quello di Pachamama e quello di Intis, ai quali erano dedicate tutte le feste religiose.

Il semplice popolano adorava soprattutto Pachamama, la dea della terra e della fertilità, e questa venerazione è un sentimento ancora vivo presso gli Indios. Sia il popolo che l'aristocrazia veneravano invece il dio del Sole Intis. 

I similacri delle divinità principali erano custoditi nel coricancha, il "cortile d'oro" di Cuzco.

Gli Indios peruviani erano un popolo molto superstizioso. Credevano che molti luoghi e strani oggetti fossero abitati da forze soprannaturali. Adoravano gli Huacas che erano per loro luoghi sacri e comprendevano templi, pietre, tombe di antenati, colline, fontane, sorgenti e caverne. Anche piante e uccelli erano visti come magici e considerati abitati dagli spiriti.

I guaritori utilizzavano amuleti per scacciare gli spiriti maligni dai loro pazienti. Molte guarigioni erano fatte con le erbe, ma il merito della guarigione era attribuito agli spiriti delle piante. I sacerdoti osservavano le stelle e avevano calendari basati sui cicli lunari e solari. Essi erano utilizzati per prevedere la buona o la cattiva sorte. Anche le numerose feste religiose incaiche si basavano sui cicli del Sole e della Luna. I sacrifici erano una parte importante di queste cerimonie. In genere gli Incas sacrificavano i lama o i porcellini d' india, anche se di tanto in tanto nei templi più importanti erano uccise anche sacrificate persone. 

La maggiore solennità religiosa era la festa dello "Inti rayni", la celebrazione del solstizio di giugno: molti affluivano a Cuzco d'ogni parte dell'impero per rendere omaggio al sovrano "figlio del Sole" e i festeggiamenti duravano nove giorni.